東京三育小学校は、アメリカに起源を持つミッションスクールということもあり、創立より英語教育に大きな力を注いでいます。
1年生は週9回、2年生以降は週5回、ネイティブ教師と日本人のバイリンガル教師が授業を行い、低学年は『音』に重点をおき、聞く力・話す力を育てます。 高学年からは『文字』を導入し、フォニックスを用いて読み書きの基本を習得させます。
歌やアクションを授業に盛り込むことで、楽しく言語が習得でき、世界で通用するコミュニケーション力の基礎を自然に伸ばします。
中には、系列高校の国際英語コースを経て海外の大学に進学し、国際的な学びやビジネスなど、世界で活躍している卒業生もいます。また、英検にも取り組み、2級や準1級を取得する児童がいます。
三育教育の土台である聖書の言葉や讃美歌、お祈りも英語で学びます。
聖書教材は、小学校レベルでは扱わない単語や構文、抽象概念が含まれているので、英語の習得にも役立ちます。
また、CLILアプローチを取り入れ、算数（数の概念や計算、時計の読み方）、理科（生物の名前や分類、環境問題）、社会（国名や国旗、歴史、文化）など、他教科の知識を学びながら、絵本や音楽を通して児童の情緒的成長も促します。
プリ・プライマリークラスは、教師の指示に従って集団行動をする訓練とともに、本校の特色である英語教育やキリスト教教育に触れていただくことを目的に開講しています。
このプログラムにより、入学後の学びへスムーズな橋渡しを目指し、同時に教師の話を聞く集中力を養います。
ひとりでも多くの人のニーズに応えるためには、国際的なコミュニケーション能力が求められる時代です。本校では、校訓である「だから、何事でも人々からしてほしいと望むことは、人々にもそのとおりにせよ。」を実現するツールとして英語を学びます。
言葉の習得が『勉強』となる前に、親しむことによって『英語は楽しくて大好き！』という前向きな姿勢を育てます。この動機づけは、中学以降の英語学習の大きな推進力にもなります。
授業に限らず、日直の司会やお祈りなど、学校生活におけるルーティンを英語で行います。日常に英語が入ることで、単なるロールプレイングでは得られない、リアリティに富んだ英語を身につけます。
英語の授業では、聖書にも多く触れます。英語の言語的な知識だけではなく、その背景にある文化やキリスト教の思想を理解し、より多くの人のニーズに応えることを目指します。
母語と異なる音韻体系を習得する能力は、10歳前後を境に衰えていくと言われています。そこで、1～3年生までは、オーラルコミュニケーションに重点をおき、毎日『音』のシャワーを浴びて耳を育てるとともに、日本人には難しいとされている発音も、自然に身につけていきます。
低学年で音声的に学んだことを土台として、4年生以降は会話に加えて、文字とフォニックスを用いて『読み書き』の基本を学びます。文章を読んで正しく理解したり、自分の『言いたいこと』を作る力を育てます。